Mintį apie biblijos užšifruotus kodus iškėlė žydų mokiniai XII a. Hebrajiškajame Toros, t. y. penkių pirmųjų Senojo Testamento knygų variante jie aptiko užslėptų, tarpusavyje susijusių žodžių. Dievobaimingieji žydai įsitikinę, kad Biblijoje iki smulkmenų surašyta viskas, kas kada nors įvyksią Žemėje; didieji rabinai kaskart pabrėžia: kadangi visus Biblijoje užrašytus žodžius Mozei padiktavo pats Dievas, teksto keisti negalima.
Naująją Biblijos kodų erą pradėjo Slovakijos rabinas Michaelis Bėras Veismandlis (Michael Ber Weissmandl). Kadaise jis vos išvengė nacių mirties kamerų. Nagrinėdamas senovines knygas apie Biblijos kodus jis sukūrė savų teorijų. Nors Antrasis pasaulinis karas sugriovė paties Veismandlio iki tol buvusį gyvenimą, jis susidomėjo dešifravimu, ypač išgirdęs pasakojimų apie vokiečių programą „Enigma“. Be to, jau buvo prasidėjusi mikrokalkuliatorių eros pradžia, tad Toros tyrėjai, besižavintys M. Veismandlio idėjomis, tolesnius Biblijos kodų tyrimus jau galėjo atlikti taikydami sudėtingas technologijas.
1994 m. grupė intelektualų — Doronas Victumas (Doron Witztum), Elijahu Ripsas (Eliyahu Rips) ir Joavas Rozenbergas (Yoav Rosenberg) — statistikos mokslams skirtame žurnale paskelbė straipsnį apie eksperimentą, kurį jie atliko naudodamiesi M. Veismandlio parengta metodika. Jie teigia „Pradžios knygoje“ radę užšifruotas nuorodas apie 34 didžiuosius rabinus išminčius, jų gimimo ir mirties datas. Šis straipsnis sukėlė mokslininkų ir visuomenės susidomėjimą Biblijos kodais. Jis nenuslūgo iki šiol. Tai paskatino daugelio knygų pasirodymą, tačiau reikia pripažinti, kad toli gražu ne visos jos turi rimtą mokslinį pagrindą.
Taigi: kaip iššifruojama Biblijoje užkoduota informacija? Pati paprasčiausia sistema, kuria naudojasi tyrinėtojai, vadinama tolygia: išsidėsčiusių raidžių sekos sistema. Ją taikant visas teksto raides reikia surašyti iš eilės be jokiu tarpelių ir skyrybos ženklų. Tada vientisoje raidžių grandinėje nustačius vienodus intervalus gaunami nauji žodžiai. Pavyzdžiui: ARETHEREHIDDENMESSAGESHERE
Jeigu iš šio fragmento, skaičiuodami nuo pradžios, išimtume kas šeštą raidę, gautume žodį ties {ryšiai). Šiuo metodu galima naudotis skaitant tekstą iš kairės į dešinę ir atvirkščiai, t.y. į abi puses. Taip pat tarp raidžių galima daryti įvairius tarpus. Yra ir kur kas sudėtingesnių šifravimo sistemų, vadinamųjų vektorių ir matricų; taikomas ir teksto nagrinėjimas dviem lygiais kaip kryžiažodyje, kai žodžių reikšmių reikia ieškoti įvairiomis kryptimis.
M. Veismandlio atradimo esmė buvo ta, kai paėmęs „Pradžios knygą“ ir pradėjęs skaičiuoti nuo pirmos eilutės pirmosios raidės T ir tris Kartus pasirinkęs kas 50 raidę jis gavo žodį „TVHR“, kuris hebrajų kalba reiškia Tora. Tą patį rezultatą jis gavo, savo eksperimentą pakartojęs „išėjimo“ ir „Skaičių knygomis“. Per pastarųjų metų tyrimus buvo aptikta nuorodų į Hitlerio Mein Kampf ir įvairius istorinius įvykius. Deja, sensacijų besivaikantys autoriai gerokai iškraipė šifravimo sistemą. Biblijos kodas tapo kažkuo panašus į Nostradamo pranašystes. Kai Tyrėjai mėgina jį panaudoti kaip metodą ateičiai spėti.
Dauguma Biblijos kodo entuziastų įsitikinę, kad galimybė šifruoti turėtų būti vertinama ne kaip ateities spėjimo priemonė, o kaip įrodymas, kad Torą iš tikrųjų padiktavo Dievas, kuris žino visa, kas turės įvykti. Jie mano, kad ieškoti tekste nuorodų į galimus ateities įvykius nederėtų, nes, spėjimams nepasitvirtinus, teliktų atsitiktiniai žodžių rinkiniai. Daug kas įsitikinę, kad informacija, iššifruojama Biblijos kodu, tėra atsitiktinis žodžių ir kokio nors įvykio atitikimas.
Mokslininkų pasaulyje, ypač tarp statistikos ir kompiuterių specialistų, yra daugybė skeptikų. Du tokie intelektualai — matematikai Droras Bar-Natanas ir Brendanas Makajus pirmieji išdrįso suabejoti D. Victumo, E. Ripso ir J. Rozenbergo atradimais. B. Makajus ir D. Bar-Natanas panašius duomenis, kuriuos gavo didieji rabinai, aptiko tokiu pačiu būdu išanalizavę Tolstojaus romano „Karas ir taika“ tekstą. Atliekant kitus eksperimentus daugybė nuorodų į garsius pasikėsinimus, princesės Dianos mirtį ir „karą prieš terorizmą“ buvo rasta Melvilio (Melville) knygos „Mobis Dikas“ tekste.
Biblijos kodo šalininkai tvirtina, kad jie nori įrodyti, jog tikrasis Biblijos autorius esąs Dievas, tačiau net ir pati puikiausia šifravimo sistema vargu ar kaip nors paveiktų žmogaus — ar jis būtų tikintis, ar ateistas — tikėjimą.